Lata 1996 – 2008 to okres kompleksowej modernizacji zakładu. Pod koniec 1998 roku uruchomiono oddział produkcji kruszyw drogowych i budowlanych. W I kwartale 1999 roku została przekazana do eksploatacji Przemiałownia kamienia wapiennego, wyposażona  w urządzenia o najwyższym poziomie techniki. Tym samym Kopalnia stała się znaczącym w Polsce producentem wysokiej jakości mączki i piasków wapiennych, stosowanych między innymi, jako sorbenty wapienne do odsiarczania spalin energetycznych metodą mokrą oraz w kotłach fluidalnych. Obok energetyki produkty mielone znalazły również zastosowanie w budownictwie, drogownictwie, rolnictwie i przemyśle szklarskim. Całość inwestycji wzniesiona została w wersji "przyjaznej" dla środowiska, aby dotychczasowe warunki emisji do środowiska nie uległy pogorszeniu. Uruchomienie tak dużych projektów – łączna wartość nakładów inwestycyjnych wyniosła ponad 50 mln zł – stało się dla firmy przełomowym momentem, a bogata oferta produktów pozwoliła zaspokoić potrzeby dotychczasowych i przyszłych klientów.

W roku 2003 Kopalnia Wapienia "Czatkowice" uzyskała certyfikaty potwierdzające spełnianie wymagań normy Systemu Zarządzania Jakością ISO 9001: 2000 oraz normy Systemu Środowiskowego ISO 14001: 1996 w zakresie wydobycia i przerobu kamienia wapiennego.

W czerwcu 2005 r. oddany został do użytku węzeł magazynowo-załadowczy sorbentów na samochody. Również w 2005 roku Spółka została właścicielem Kopalni Wapienia „Nielepice”, posiadającej złoża wapieni jurajskich.

W listopadzie 2008 r. w Kopalni Wapienia "Czatkowice" odbyło się przekazanie do eksploatacji drugiej linii przemiału kamienia wapiennego. Przekazanie nowej inwestycji do eksploatacji zakończyło dwunastoletni okres kompleksowej modernizacji zakładu. Dzięki budowie drugiej linii przemiału Kopalnia "Czatkowice" weszła do grupy największych w kraju producentów produktów mielonych i stała się największym dostawcą sorbentów dla energetyki.

Od listopada 2010 roku Kopalnia Wapienia „Czatkowice” Sp. z o.o. należy do Grupy Kapitałowej TAURON Polska Energia S.A. Zgodnie z założeniami właścicieli kopalnia w Czatkowicach stała się strategiczną bazą surowców w zakresie sorbentów wapiennych, wykorzystywanych w procesie odsiarczania spalin. W ciągu wielu lat swojej działalności zakład istotnie zmienił swoją rynkową orientację, przekształcając się w wiodącego producenta sorbentów w Polsce.